A caçadora de recompenças espacial, Samus Aran, se encontra aterrissando sua nave no Planeta Zebes. O esplendor do imenso maquinário pousando na atmosfera é coberto pela neblina daquele planeta futurístico. Após o pouso, uma cabine se estende na parte de cima da nave, e abre, revelando Samus, em sua Varia Suit. Ela desce da nave, e após se afastar de tal, ela para, e escuta um agudo chiado vindo dos arredores nebulosos. Aquele barulho vai ficando cada vez mais agudo, e preocupada, Samus fica em posição de defesa...

O ruído para por alguns segundos... Seguido de uma enorme explosão! A explosão chama a atenção de Samus, que se vira para ela, e encontra um enorme feixe de energia vindo em sua direção! Graças á rápidos reflexos, a caçadora de recompensas se transforma em sua Morph Ball, e desvia do feixe! Dentro da Morph Ball, Samus logo escuta alguns passos rápidos vindo em sua direção, então volta ao normal, e avista o autor do disparo, Megaman.

O pequeno robô azulado corre na direção de Samus, apontando seu canhão pra ela, e já preparando outro tiro carregado de energia! Mas ela, dessa vez, se aproveita da velocidade de seu inimigo, e lança seu Grapple Beam! Que acerta Megaman, já que tal não poderia desviar se estivesse correndo muito rápido. O gancho o puxa até ela, que estava prestes a lançar Megaman pra longe, mas ele percebe que ganhou vantagem em se aproximar dela, e atira seu Charge Shot carregado á queima roupa! Foi uma péssima estratégia de Samus usar seu Grapple Beam para arremesar Megaman, já que tal não ficou imobilizado, e assim, conseguiu atirar nela bem mais de perto.

O tiro a impulsiona pra longe, fazendo Samus cair no chão rochoso de Zebes por alguns segundos. Megaman aproveitou a imobilização dela para ativar suas Metal Blades, e lança-las contra Samus! Ela, ainda caída, percebe o movimento de duas Metal Blades vindo em sua direção, então ela rapidamente se levanta, e enquanto faz isso, dropa duas Slip Bombs. Ela, agora de pé, se afasta enquanto carrega seu Dense Charge Shot, e vê suas duas Slip Bombs explodindo as Metal Blades de Megaman, a livrando do perigo. Megaman também carrega seu Charge Shot, e assim, os dois atiram seus lasers ao mesmo tempo! A colisão dos tiros carregados dos dois provoca uma onda de choque que derruba ambos. Samus levanta primeiro e desliza até Megaman em sua forma de Morph Ball, enquanto Megaman a percebe, e tenta se levantar...

A caçadora de recompensa atropela Megaman com sua Morph Ball, o ferindo um pouco, mas sem que ela saiba, dando oportunidade para que Megaman colocasse uma Crash Bomber nela! Megaman se levanta, e ativa se Leaf Shield, enquanto Samus sai da sua forma de Morph Ball, e percebe a pequena bomba em seu traje. Megaman atira o seu Leaf Shield contra ela, enquanto ativa a Crash Bomber! Samus explode e voa alguns metros acima, e enquanto cai, é atingida pelo escudo de folhas! Um belo combo de Megaman, que aproveita novamente a imobilização de Samus para chamar seu cyber-cão Rush, assim pulando em cima dele, e aplicando um Rush Coil. Após Megaman pular em Rush, ele é impulsionado pra cima (Semelhante a mola portátil de Sonic) e enquanto está no ar, prepara para atacar Samus com sua Slash Claw! Ela percebe o ataque aéreo de Megaman, e aplica o seu Up Smash, rodando cada vez mais rápido para cima, e atingindo Megaman com cada vez mais golpes. Ele pousa no chão após o ataque, e vendo que não vai acertar Samus com sua Slash Claw, tenta carregar seu Charge Shot novamente, mais é interrompido pela caçadora de recompensas, que atira três mísseis contra Megaman! Ele desvia apenas de um, deixando os outros dois explodirem em sua lataria. Samus aproveita a situação para se aproximar dele, e acertá-lo com vários golpes corpo-a-corpo, já que essa era a fraqueza de Megaman, pois não era bom com golpes diretos, e sim com ataques de seu arsenal. Em meio a golpes e chutes, Megaman se invoca, e ativa seu Leaf Shield, que repele Samus pra longe! Ele atira o Leaf Shield contra ela novamente, mas dessa vez ela desvia, novamente usando a Morph Ball. Então Megaman percebe a situação, e atira uma Black Hole Bomb na direção da Morph Ball, o ataque cria um buraco negro, que facilmente sugou Samus para dentro dele! Quando Samus estava dentro dele, ela saiu de sua forma de bola, e viu que Megaman também entrou dentro do buraco negro!

Lá dentro, Megaman usa seu Final Smash! O Mega Legends! Ele chama o Megaman X, o MegaMan.EXE, o Mega Man Volnutt, e o Geo Stelar, que combinam a força de seus canhões em um único tiro de energia para destruir Samus! Mas ela também percebe que corre perigo, então ela também usa o seu Final Smash! O Zero-Laser! Que transfere toda a força de sua armadura para o canhão central, e atira um feixe de luz imenso na direção de Megaman e seus aliados! Os seis lasers colidem! Formando uma explosão colossal dentro do buraco negro, e bem... Você sabe o que acontece quando uma explosão ocorre dentro de buracos negros: Ela concentrada toda dentro dele, até consumi-lo completamente! E foi isso que realmente aconteceu, o buraco negro formado pela Black Hole Bomb sumiu, e a explosão fez com que todos que estavam lá dentro fossem jogados pra longe! Os aliados de Megaman haviam sumido com a fim de seu Final Smash, e ele já estava caído no chão com a força da colisão de todos os lasers... O mesmo havia acontecido com Samus, mas havia algo diferente... Parece que toda a energia que ela havia usado em seu Final Smash havia quebrado sua Varia Suit! A transformando em Zero-Suit Samus! Ela se levanta, e saca sua pistola-chicote na direção de Megaman, ainda caído.

Ele se levanta, e usa seu Air Shooter, criando um tornado em volta dele, desviando todos os tiros, e os voltando contra Zero-Suit Samus. Ela então desvia de todos os próprios tiros com maestria, e volta a correm na direção de Megaman. Ele se prepara para um combate frontal, e pula em cima de Zero-Suit Samus! Enquanto está em cima dela, ele ativa seu Hard Knucle, fazendo-a explodir, e voar em cima dele, e nesse momento, cai sob ela, e ativa seu Up Smash, o Spark Shock! Fazendo com que Zero-Suit Samus leve um choque de milhões de watts! Se ela estivesse com sua Varia Suit, talvez ela até pudesse resistir ao tremendo choque, mas como estava sem ela, caiu inconsciente no chão... E então, Megaman usa o seu Mega Upper, e a faz sair do chão novamente, e, enquanto ela estava no ar, Megaman a finaliza com um Charge Shot, que acabou matando-a sem a sua Varia Suit.

O vencedor dessa batalha é Megaman!