A aventura segue agora pelo pedregoso vale do deserto do Smash World, há centenas de formações rochosas e um antigo templo em ruínas. Do alto de um penhasco, Lucas e o Pokémon Trainer observam uma criatura voadora rumando para baixo do desfiladeiro em direção as ruínas:

-É! Encontrei você CHARIZARD. Vou capturar você.- o Pokémon Trainer encontra o motivo que o trouxe para este lugar, pokémons raros.
-Vamos depressa, ele está entrando naquela caverna.- Lucas se empolga com o grande pokémon voador, depois o Trainer mostra-lhe dois cards:
-Veja só Lucas, é atrás destes dois que estou atrás, e no Smash World este é o único lugar onde posso encontrá-los.

Com o objetivo de pegar os pokémons que habitam esta região do Smash World, os dois garotos começam a descer o desfiladeiro em direção as ruinas, entretanto o trajeto havia sido tomado por invasores do Sub-Espaço:

-Minha nossa! Mas até aqui eles estão? Vamos lá Squirtle.- o treinador se inconforma em ver estes monstros por todo o lado. Com a ajuda de Lucas, ele os dispersa do seu caminho, a entrada para o templo estava logo adiante, portanto eles não podiam dar muita moleza.

Lucas e o Pokémon Trainer chegam na entrada da caverna para onde aquele Charizard havia entrado, curiosamente uma pequena tropa de invasores entrou rapidamente no local, estariam tentando esconder alguma coisa? A entrada do templo estava bloqueada por uma nova espécie de monstro, uma espécie de totem com cabeça de arlequim que pode disparar raios com os olhos, para destruí-lo era preciso acertar peça por peça até sobrar a cabeça somente.

-Eu cuido deles Trainer, cuide dos inimigos menores.- Lucas mostrava coragem crescendo nele e sua timidez sumindo. Após abrirem caminho, os dois meninos entram no templo.

O lugar é ilumidado por caldeiras incandescentes e lanternas de fogo, o calor era muito grande la dentro e havia monstros de fogo por todo lado, em algumas partes Lucas notava imagens curiosas, runas antigas mostrando imagens de ROBs e da Master Hand, o Trainer era mais apressado e ignorava esses detalhes. Algum tempo depois, eles desceram para um nível mais superior do templo, com menos calor e menos invasores, dessa forma, arrumando um tempo para respirar. Lucas ainda olha as paredes e descobre mais símbolos nas paredes, desta vez ele conesgue chamar o Pokémon Trainder para dar uma olhada:

-Veja só esses símbolos, parece que contam a história do passado deste mundo.- Lucas analisa as imagens e vê coisas interessantes: uma delas mostra um continente totalmente deserto e vários Deuses se unindo para formar o espírito criativo que criou o Smash World. Continuando a olhar as paredes, o Pokémon Trainer encontra algo surpreendente:

-Lucas, venha ver isso!

Os símbolos que o Trainer havia encontrado mostram um ser parecido com o Ancient Minister como o governante do Smash World, ele povoou o continente com robôs que ajudara na construção de diversas localidades, entretanto um grande cataclisma aconteceu no continente e vários robôs foram destruídos, sob o temor de um novo desastre o espírito criativo cria uma ilha flutuante ao leste do continente e faz com que todos os robôs se mudem para lá, depois disso Ancient Minister renunciou o posto de regente deste mundo e foi morar com os robôs na ilha flutuante.

Intrigados com este estranho e misterioso passado do Smash World, o Pokémon Trainer e Lucas continuam sua busca pelo Charizard até encontrarem uma saída.

-Que droga! O Charizard não estava lá, ele deve ter saido por aqui e ter ido para outro lugar.
-Pode ser Trainer, mas aqueles símbolos ainda me intrigam.- Lucas não parava de pensar nas escrituras.

Quando os dois garotos saem do templo, eles percebem que as ruínas ainda continuam por uma outra entrada de frente para uma grande montanha. Supostamente Charizard deve estar lá dentro, e também podem haver mais contos sobre a origem deste mundo. Mas logo ao tentarem entrar eles se deparam com uma ingrata surpresa.

-Então você está aí pirralho loirinho! Achou que podia fugir de mim?- Wario esperava em cima de um pilar, mas ele estava desarmado desta vez.
-Você de novo??- Quando Lucas vê Wario, ele se recorda da cena do rapto de Ness.
-Onde está aquele gorducho que roubou as minhas coisas?- Wario estava furioso e pensou que Lucas tinha algo a ver com os atos do Rei Dedede.
-Do que você está falando, que gorducho é esse?- Lucas retrucou.
-O pinguim gorducho que roubou meus troféus e meu Dark Cannon, e você deve ter alguma coisa a ver com isso.
-Eu não sei do que está falando, mas seja como for quero que devolva meu amigo Ness!
-GRRRRR!!! Vou ter que pegar você e seu novo amiguinho do jeito mais difícil.

Wario quer briga e Lucas se prepara para a batalha, o Trainer chama o Squirtle para dar cobertura.

Os grande poderes de Wario estavam concentrados em sua fétida boca e no seu peido explosivo, Lucas se esforça para manter distância usando suas habilidades PK Fire e Thunder além dos golpes físicos energizados mentalmente, Squirtle usava sua arma de água para dificultar a aproximação do inimigo, porém Wario era desleal, quando percebeu que estava em desvatagem ele subiu em sua motocicleta e começou a perseguí-los, Squirtle é atingido por um golpe do pneu traseiro e o treinador o chamou de volta para a pokébola, ficou apenas Wario e Lucas cara a cara, Wario continuou apelando para a motocicleta e Lucas se esforçava para desviar de suas investidas, logo depois ele percebeu que a moto ficava cada vez mais devagar, o combustível estava acabando e minutos depois Wario capotou, Lucas mandou um PK Fire na moto fazendo-a explodir, Wario ficou furioso e correu em direção a Lucas, mas ele estava carregadno um PK Freeze, quando Wario se preparou para dar um golpe Lucas liberou seu ataque e congelou Wario no ar, a força do ataque o lançou para cima e logo depois e caiu no chão transformado em troféu.

Lucas derrotou Wario, ele superou seu maior medo nesta aventura, mas quando foi olhar ao redor pensando encontrar Ness, ele não achou mais ninguém, Lucas ficou brevemente desapontado:

-Não se preocupe Lucas, nós ainda vamos encontrar o seu amigo. Se trabalharmos juntos, conseguiremos tudo.

Após ser conformado pelo Pokémon Trainer, Lucas e ele entram no segundo nível das ruinas deixando o troféu do Wario para trás. Com ele fora do caminho, não haverá mais caça a troféus por dinheiro fácil.

Enquanto isso, no castelo do Rei Dedede...

O Rei de Dreamland está na sala do trono com os troféus de Zelda, Ness e Luigi, que ele surrupiou de Wario. Dedede limpou os troféus e falou:

-Aqui ninguém causará mal a vocês, quero que me ajudem, vocês são minha única esperança.

Depois, Dedede tirou duas medalhas do bolso de seu manto:

-Tenho um presentinho para vocês.- Ele coloca uma medalha em cada troféu, porém faltou uma para Zelda:
-Tudo bem, pode ficar com o meu, mocinha. Eu faço outro para mim depois, estou fazendo isso só porque você é bonita.

Mas quando Dedede terminou de colocar as medalhas nos troféus, um tremor começou:

-Hã?... O que está acontecendo?

O teto do castelo começou a desabar, um dos pedregulhos cai na cabeça do Rei Dedede fazendo-o desmaiar, em segundos toda a sala do trono estava soterrada nos escombros. Do buraco no teto Bowser e seus soldados aparecem, eles descem e começam a vasculhar o local:

-Continuem procurando. Ganondorf falou do troféu de uma mulher.- Bowser procurava pelo troféu da Zelda. O desabamento havia soterrado tudo que estava lá dentro, inclusive os troféus. Cavando mais um pouco, os soldados acabam encontrando o troféu da Zelda e o Dark Cannon que estava com Wario. Bowser recolhe os dois, abre um buraco na parede e foge.

Para que servirá aquelas medalhas que Dedede colocou nos troféus?