Capítulo 1- Personagens principais e aliados

Jackson Hamato "Jack"– O líder da equipe e aluno de ninjutsu especializado no combate com duas katanas. Ele possui a máscara azul. Com 16 anos se tornou como líder escolhido pelo North ele é o principal encarregado por liderar seus irmãos nas missões, muitas vezes indisciplinados. Ele tem uma obsessão por assistir um desenho animado de ficção científica "Hot Wheels – Bero for five" e muitas vezes se inspira pelos personagens. Durante a historia ele mostra uma paixão pela Elsa, a filha do Destruidor, mesmo depois de saber que ela era sua inimiga ele persistiu por querê-la como aliada por muito tempo.

Hiccup Hamato "Hicc"– O mais esperto da família, especializado no combate com seu bastão de madeira. Ele possui a máscara roxa e também tem 16 anos. Ao contrário de seus irmãos ele tende a ser o mais racional e estrategista nas lutas, sempre buscando a razão a lógica das coisas. Ele também é aspirante a cientista tendo seu próprio laboratório do qual ele faz experiências e cria equipamentos tecnológicos. Tem uma paixão pela Astrid, durante muito tempo ele tentou manter isso em segredo.

Hiro Hamato "Hiro"– O mais impulsivo e agressivo dos irmãos especializado no combate com sais. Ele possui a máscara vermelha e tem 16 anos. Ele tende a ser o mais arrogante e determinado da equipe sempre querendo resolver as coisas na base da violência, que muitas vezes traz problemas as missões. Ele tem uma cisma de implicar com Kris frequentemente o insultando, intimidando ou batendo nele, pois ele considera Kris muito imaturo e infantil e frequentemente se irrita com suas brincadeiras. Apesar de ser o valentão do grupo ele muitas vezes mostra lados sensíveis ocultos. Ele tem um robô chamado Baymax.

Kristoff Hamato "Kris"– O mais ingênuo e brincalhão dos irmãos especializado no combate com dois nunchakus que podem se converterem numa kusarigama. Ele possui a máscara laranja e tem também 16 anos. Tende a ser o mais infantil da família frequentemente brincando com seu vídeo-game, andando de skate e comendo pizza. Por sua ingenuidade muitas vezes é manipulado pelos irmãos a servir de isca contra os vilões, e geralmente é o mais medroso. Frequentemente irrita seus irmãos por sua incompetência e suas piadas que muitas vezes chegam a por as missões em risco. Também tem o costume de dar nomes a cada vilão toda vez que algum deles é exposto ao mutagênico virando mutantes.

Mestre North– É o mestre e pai dos meninos. Um humano que foi exposto ao mutante. Nasceu no Russia sendo um dos últimos descendentes do Clã Hamato. Durante sua juventude formou amizade com Breu (Destruidor) com quem junto treinou a técnica de ninjutso por muitos anos, quase como um irmão. No entanto acabaram por se tornarem inimigos após caírem em amor por uma mesma mulher da qual casou-se com Tooth tendo uma filha, fazendo Breu se vingar matando sua mulher e sequestrando sua filha. Após perder tudo ele fugiu para Nova Iorque onde adotou quatro irmãos, treinados para serem ninjas caso Destruidor retornasse.

Astrid Hofferson– Uma jovem de 16 anos filha do Dr. Miguel Hofferson que se tornou amiga dos ninjas após seu pai ser sequestrado pelos Kraang. Após a perda do pai ela passa a morar no apartamento de sua tia, ocasionalmente visitando seus amigos em busca de resgatar seu pai procurando respostas sobre os Kraang. Com o passar do tempo ela é treinada por North para ser uma kunoichi recebendo um tessen como arma. Ela começa a desconfiar que seu amigo Hicc gosta dela, mais não leva muito a serio.

Miguel Hofferson– O pai de Astrid que trabalha como psicologista. Ele foi raptado junto de sua filha pelos Kraang que os levaram até sua fortaleza até as meninos ninjas aparecerem para salvar sua filha. Após ser salvo dos Kraang durante sua primeira derrota das meninos ninjas ele passa a se encontrar com sua filha. Durante grande parte da historia ele permanece como um inimigo das meninos, frequentemente sendo motivo de preocupações da Astrid.

Marshmallow – É um boneco de neve mutante monstruoso aliado dos ninjas. Ele originalmente era animal de estimação de um garoto até ser encontrado pelos pais foi atirado no esgoto através de um vaso sanitário. Ele foi encontrado pelos Kraang e levado a Dimensão X que fizeram um experimento de mutação nele o transformando num boneco humanoide de 2 metros. No entanto ele conseguiu escapar e fugir para a Terra com um resto de mutagênico. Quando as tartarugas o encontram Kristoff se torna seu amigo mesmo seus irmãos considerando ele um inimigo, recebendo o nome de Marshmallow. Em uma parte ele retorna a Dimensão X deixando seus amigos para trás. Tem uma força brutal e muitas vezes perde o senso e vira uma fera irracional.

Wasabi– Originalmente era um jovem humano que se tornou fanático pelas meninos ninjas após flagrá-los em ação, querendo ser um herói que nem eles atendendo ao nome de Pulverizador. Apesar dos esforços ele nunca conseguiu imitar os meninos ninjas mesmo imitando seu visual e tentando participar das missões junto a eles. Depois de um tempo ele se juntou ao Clã do Pé querendo aprender mais sobre artes marciais, porém acabou sendo usado como cobaia num experimento com o mutagênico virando um monstro de gosma transparente com os órgãos flutuantes.

Elsa– É a filha adotiva do Destruidor e um membro do Clã do Pé. Originalmente ela era a filha de North, porém após a batalha que North e Breu tiveram na sua juventude no Russia, Destruidor acabou matando a esposa de North e sequestrou Elsa para ser sua filha sem que North soubesse que ela ainda estava viva. Ela conheceu os meninos, primeiramente simpatizando com Jackson até descobrir que ele fazia parte do lado de seus inimigos, mais já era tarde de mais porque já estava apaixonada pelo mesmo. Durante muito tempo ela serviu como arqui-inimiga dos meninos e também de Astrid que se tornou sua rival.